睁开全文联署倡议人赵立平、杨瑞馥、张发现、军、马永慧、蓝灿辉、李丹宜、张素贞、许晓曦、沈通、郎秋蕾、姜泊、张美玲、钱晓国、欣、李英、保红、肖传兴、魏玮、姜长涛、曾开国、宁康、段丽萍、朱书、胡小松、赵文婧、秦楠、何兴祥、張天鴻、马丽亚、袁静、李尚、军军、佳堃、刘宏伟、魏岱旭、硕、葛良鹏、刘星吟、崔玉涛、岳朋、陈廷涛、周晓光、李华军、刘永鑫、周宏伟、燕茹、沈权、刘斌、张志刚、戴文魁、苏晓泉、张东亚、胡鹏、丁旭、霍贵成、陈鹏、田埂、刘晓军、赵方庆、崔伯塔、朱瑞新、刘先、陈鹏、丁涛、曹海龙、蒋先芝、方莹、明帮、陈烨、倪学勤、李珊珊、傅静远、李后开、玉娥、董孟、金锋、杨恒文、刘煜、周永强、魏泓、陈从英、陈丹梅、卞兆祥、辛凤姣、何伟奇、刘海霞、赖信志、炜、刚、邦茂、朱可可、曹清、韩新燕（按报名顺次，名单延续增添中，名单请移步联署页面体味）文章执笔 |?李丹宜、蓝灿辉数据分化 |?高春辉伦理撑持 |?马永慧肠道微生物群（Gut Microbiota，俗称肠道菌群，有时与 Gut Microbiome——肠道微生物组混用，但二者内在不合）是比来几年来科研圈里热度很高的话题。跟着愈来愈多的研究进展和媒体报导，人们对肠道菌群研究也最早闪现南北极化的不雅概念。有些人感应传染肠道菌群很“奇异”，认为甚么疾病都跟它有关，甚至鼓吹肠道菌群“论”；也有些人戏称肠道菌群是“形而上学”，甚至在生物医学研究规模中最早传布 “机制难寻，肠道菌群”的讥讽。理当说，这两种不美观不美观概念都是不够客不美不美观的，是晦气于肠道菌群研究和转化操作成长的。是以我们今天出格经由过程数据分化和文献援引的编制，向关心肠道菌群的各界人士揭示相关研究的客不美不美观事实，并提出我们的倡议。事实.?肠道菌群是主流的科学研究前沿图? PubMed?中菌群和肠道菌群相关文献的增添趋向经由过程搜索 PubMed 可以看出，在 年之前，“菌群”和“肠道菌群”相关文献数目很是少（图）。而在过往 年，PubMed 中每年收录的“菌群”研究文献的数目，从年的 余篇增添到 年的 余篇，增添 多倍。截止到 月 日， 年 PubMed 收录的相关文献已达 余篇，估量全年会超越 篇。孤立搜索“肠道菌群”相关研究文献，在畴昔年占菌群相关研究数的比例根底连结在 上下，数目从 年的 余篇增添到 年的 余 篇， 年估量会打破 ?篇。以上数据声名，肠道菌群已走入科学研究的舞台中心。而在可预感的未来，相关文献还会快速增添，肠道菌群研究高涨还会延续。图? 《热情肠》收录文章根底数据《热情肠》是热情肠生物手艺研究院于 年草开办，并延续解读肠道菌群相关高水平文献的内容平台，到 年尾将发布 期。以《热情肠》在近 年时刻里收录并解读的 余篇文献为例，这些研究功能触及 多个国家和地域、 多个研究机构、 多个课题组（以通信计）和 多位研究者（图）。这些数据从一个侧面反映出，在全球规模内，肠道菌群相关研究切当遭到科学家的普遍和介入。图? 《热情肠》中收录的部门高水平期刊论文数《热情肠》收录的文献揭晓在 多本 SCI 期刊上，其中搜罗除夜量知名的高被引期刊（例如： 年影响因子除夜于 ）（图）。在生命科学规模最受的《自然》、《科学》、《细胞》、《美国医学会杂志》、《柳叶刀》和《新英格兰医学杂志》也在延续揭晓肠道菌群相关的首要研究打破，它们被收录的文献数目分袂高达 、、、、 和 篇。这些数字也闪现出，主流学术界对肠道菌群相关科学试探的和认可。而在肠道菌群研究兴起的背后，是前沿生物学研究手艺的快速成长,。无菌动物模子、二代测序手艺，和宏基因组学、宏转录组学、代谢组学,和培育组学等多组学手艺及分化编制的成长和操作，不单使得研究者能解析肠道菌群的组成和结构，还能从不合交叉学科的角度，对菌群的功能及其与健康和疾病的关系进行研究和验证。事实.?全球都在加码肠道菌群研究图? - 年美国菌群研究经费之所以肠道菌群相关研究自 年起最早突飞猛进，既与科学界对菌群功能的熟谙慢慢深切有关，也和国家的策略撑持密不成分。这其中以美国国立卫生研究院（NIH）的人类微生物组筹算（HMP）最为人熟知。在 - 年间，NIH 在人类微生物组筹算中累计投入了 . 亿美元（图）。- 年，NIH 在 HMP 以外又投入了 . 亿美元用于人类微生物组规模的其它研究。图? 按国家统计《热情肠》中收录的论文数高额投入实现了高产，在《热情肠》近四年收录的文献中，有超越 来自于美国的研究机构（图）。不外中国（搜罗港澳台地域）、英国、德国、加拿除夜、法国等其他国家和地域也在延续加除夜投入。据估算，全球在畴昔十年对菌群相关研究的资金投入已超越 亿美元。图? 不合国家肠道菌群相关融资额与此同时，肠道菌群相关的财富转化也在延续成长，菌群及相关生物手艺的成立如雨后春笋，资金投入也愈来愈除夜。截止到 年，全球有超越 亿美元投入到肠道菌群相关立异（图）。与根底研究气象近似，美国以超越 亿美元身先士卒，其他国家正迎头追逐。事实.?肠道菌群与疾病和健康关系慎密慎密亲密图? 肠道菌群与其它器官互作，影响免疫健康肠道在健康中的关头性浸染，是肠道菌群介入宿主心理过程甚至影响人体健康与疾病的根底（图）。除负责营养的消化、领受和代谢，肠道仍是首要的免疫和内渗出器官，而且，肠道还被称为“第二除夜脑”，有着丰硕的肠神经系统，并经由过程迷走神经与除夜脑沟通-。比来几年来，肠道菌群研究已从描述性和关系性向因果性和机制性改变,。年 Jeffrey Gordon 团队在 Nature 揭晓研究，经由过程对小鼠进行粪菌移植考试考试，初度注解肠道菌群可影响和传递宿主的肥胖表型。往后愈来愈多的研究注解，肠道菌群可被视为身体中的 “微生物器官”,，经由过程菌群的自己成分、代谢物和衍生物,，和致病共生菌移位等机制,，介入调控宿主的代谢、免疫、内渗出,、神经等多方面的局部和全身性心理过程，从而影响发生肥胖,、糖尿病、脂肪肝、心血管疾病?、自己免疫和炎症性疾病、精神神经疾病和癌症-等疾病的风险-。图? 菌群疗法研发思绪肠道菌群研究不单有助于更周全的揭露疾病的发生成长过程和机制，还促进了新型诊断和干与干与疗法的研发（图）。肠道菌群可用于结直肠癌的无创筛查，能提高现有筛查编制的切确性。用粪菌移植恢复肠道微生态可有用医治复发性艰难梭菌传染，在医治炎症性肠病方面也有下场。伙食纤维干与干与可经由过程改变肠道菌群来改良糖尿病，用菌群导向的饮食干与干与编制也可在必定水平上改良儿童营养不良。肠道菌群仍是成长个性化医疗的首要成分。好比，基于菌群等指标的算法可用于猜想个此外餐后血糖反映；靶向特定致病共生菌，也是医治响应疾病的暗藏编制,。此外，肠道菌群还能经由过程介入药物代谢、影响宿主免疫应对等机制，对药物和疗法的下场发生影响-；过于“清洁”的考试考试动物，也被证实并不是是药物研发的模子。事实.?肠道菌群异常只是疾病成分之一图? 影响II型糖尿病和肥胖的诸多后天成分当然除夜量研究证实肠道菌群对人体健康有首要意义，但除此以外，遗传、气象、糊口编制等，对健康与疾病也都有巨除夜影响-。在一些气象下，肠道菌群只是毗连这些成分与疾病的中心一环，而非最素质的成分。好比，与肠道菌群慎密慎密亲密相关的糖尿病和肥胖等代谢疾病，当然有不美观不美观概念认为菌群或许是其中最首要的可酿成分，可是，事实菌群对这些疾病的供献能占多除夜比例，还没有定论。这些疾病的发生是一个综合性功能，遗传易感性、饮食、步履、发育、睡眠、药物操作等多种成分，都可能影响疾病风险（图）。图? 众多现代化和工业化糊口编制与菌群配合促进食物过敏再好比，病发率延续上升的食物过敏也与肠道菌群有关，益生菌、益生元和粪菌移植等肠道菌群调剂编制，仿佛也有改良下场。可是过敏性疾病的发生，一样也是综合性成分拨合浸染的功能（图），在遗传成分以外，剖腹产、早产、抗生素、气象污染、生命初期病原体传染、抽烟酗酒等孕产妇成分等都可能促进食物过敏的发生-，而相关应对策略也需要综合性考虑。我们在面临腹泻、炎症性肠病、肠易激综合征、心血管疾病、自闭症、阿尔兹海默症、帕金森病等与肠道菌群的关系或远或近的疾病时，都需要出格熟谙到肠道菌群只是疾病的一个成分，不能随便拔高菌群的首要性。事实.?肠道菌群研究仍处于初期阶段图? 高度个体化的人类菌群今朝我们对肠道菌群的体味可能仍然只是冰山一角，这个规模还存在良多局限、未知和争议。人与人之间的肠道菌群是高度个体化的（图），且短时刻内统一小我的菌群也高度动态化，健康的菌群事实长啥样今朝还没有人可以切确回覆，而这类“基线缺失踪踪”，也阻碍了一些转化和干与干与的实施。在细菌以外，噬菌体、真菌、古菌等其它肠道微生物对健康和疾病的影响几何今朝相关研究仍处于起步阶段。对菌群中除夜量未知和不成培育的微生物，若何研究它们的功能和浸染当然宏基因组等手艺可辅助分化，培育组学也获得了必定的前进，但相关研究仍待增强。图? 医治苯丙酮尿症的工程菌临床尝试失踪踪败动物研究中的结论，在人体中也仍然成立吗美国 Synlogic 意图用于医治苯丙酮尿症的工程菌在小鼠中有用，人体临床尝试却以失踪踪败了却（图，点击图片可浏览详情），提醒我们不能简单把动物研究功能推导到人身上。若何解决菌群研究的尺度化和可几回再三性问题这样的根柢性问题还需要全球科学家连袂，培育汲引全球通行的尺度化编制和加倍开放共享的数据库等才能更进一步-。益生元、益生菌和粪菌移植等菌群干与干与疗法的持久安然性是若何的比来几年的多项研究提醒我们，诸多看起来安然的干与干与编制，其实存在暗藏风险-。若何实现对菌群的精准独霸基于肠道菌群的个体化营养研究和转化,备受，但仍欠缺除夜样本量人群的干与干与和追踪功能。理当说，肠道菌群研究仍处于初期阶段，未来还需要更深切的研究和更好的编制，来了了肠道菌群在人体健康与疾病中的浸染和机制，和相关干与干与编制的有用性和可行性。事实.?肠道菌群规模存在乱象和洽处冲突在一些研究者的不妥自我鼓吹和包装、一些媒体的夸除夜鼓吹和商家的不良商业炒作下，肠道菌群和一些衍出产物，被赋予了“包治百病”的外壳；甚至在一些激进的科研人员眼中，肠道菌群也快成为“无所不能”的代言词了。这些斗劲极端的不美观不美观概念，无疑是晦气于肠道菌群产学研的健康成长的。图? 临床随机对比尝试处于现有证据等第顶端临床随机对比尝试（RCT）是评价药物安然性和有用性的金尺度,（图），也经常操作于评估肠道菌群相关干与干与编制。可是，在现实世界中，用 RCT 对益生菌和益生元等进行功能评估，可能存在个体分歧、干与干与时刻太短等局限性，事实上，相关功能证据既有限也切当难以研究。在此布景下，夸除夜益生菌的浸染，将肠道菌群的功能失踪踪包概念为特定产物的功能，滥用相关性研究功能，轻忽菌群的复杂度而过于简化的设计检测和干与干与产物等现象较为常见。而且，在商业奉行中，存在向免疫低下人群等无不合举荐益生菌的气象，而这类做法是有暗藏安然风险的。事实上， ICU患者、住院老年人等不常人群操作益生菌，可能增添菌血症风险；甚至在极端气象下，免疫力衰的老年人长年食用酸奶，都可能造成肝脓肿和菌血症。图? “菌群失踪踪调”或许是个伪命题在“健康的菌群事实长啥样”这一根柢问题还未获得有用解答的当下， “肠道菌群失踪踪调杂乱”等名词被滥用（图，点击图片可浏览详情），成为引诱消费者和患者采办产物的概念。此外，研究中的商业益处冲突，也是需要借鉴的问题。好比，食物企业主导的营养学研究，甚除夜公共卫生研究机构、专业学会或协会、指南拟定者，都可能遭到益处的摆布。营养学研究和荟萃分化也可能被摆布，用来偏护一些产物的负面问题。在这样的布景下，一些婴幼儿奶粉产物传布鼓吹的“促进认知成长”和“保障肠道健康”的功能，现实上可能窘蹙足够的科学证据。而若何规范近似乱象，是让搜罗美国FDA在内的全球监管机构头疼的问题。事实.?肠道菌群科学配合体有自净机制良多专家学者早已意想到，肠道菌群规模过热可能激起泡沫问题，增强行业自律的呼声也愈来愈高，良多人经由过程科学杂志提出良多促进科学配合体自净的建议。首先，良多学者都呼吁，要对菌群研究连结严谨和质疑精神,。好比，描述功能时要精准、详实，避免对非因果性研究和动物考试考试的功能进行过度解读；在增强堆集因果关系证据的同时，菌群研究还应深切到菌株和基因水平，出力切磋阐扬浸染的切当机制，这一点对益生菌规模出格首要。菌群研究中的尺度化法度楷模和编制，也是科学家们在着重解决的问题。肠道菌群干与干与手段层出，若何进行有用监管成了新课题。针对有暗藏风险的益生菌、粪菌移植,等菌群干与干与手段的研究和实施，和以菌群健康为导向的新型食物（菌群靶向性食物），有学者也提出一系列监管建议。肠道菌群研究和转化需要有用规避风险与安然问题，也需要公家的理解、撑持和介入,，驯服制服生命伦理学根底原则成为众多学者的共识,。出格的，在复杂而多面的益处冲突问题上，有学者也专门提出并不是无解决之道。同时前后有人呼吁健康政策拟定不应受食物工业益处影响，科研工应自动周全地公开益处冲突，除夜夫理当向患者公开相关益处冲突。可以说，在研究设计和履行、监管编制、生命伦理等各个方面，肠道菌群科学配合体已成立起很是立体的自净机制。除夜倡议基于以上肠道菌群研究的 除夜事实，我们出格针对相关规模的根底研究者、临床除夜夫和财富化专业人士提出 点倡议：.?遵守规范的伦理原则睁开研究我们倡议肠道菌群相关科研勾当须领受需要的伦理审查和同业评议。研究者应进修、践行并畏敬生命伦理学，死守科学精神、科学文化和科研伦理；在求真务实、理性攻讦的根底上，全力做到勇于立异、责任担负；实时调剂自己与者（搜罗其他科研人员、扶持辅佐者、受试者、社会公家消费者）、与物（搜罗尝试动物、生态气象等）之间的关系，并承担社会责任。.?避免过度炒作和包装我们倡议根底研究者、临床除夜夫、财富界和媒体人士都要避免针对肠道菌群的过度炒作和自我包装，并积极介入全规模的自律和自净工作。研究者应避免纯挚操作单元、职务背书来塑造小我影响力，按捺小我营销打动，在鼓吹小我和团队研究功能时避免夸除夜或夸年夜。在科研、财富和媒体鼓吹工作中，避免肠道菌群“论”和“无用论”；否决投契主义、弄问题党和蹭热度；否决将肠道菌群研究俗气化、伪科学化，搜罗否决滥用“肠道菌群”概念到不相关规模，也承诺不切现实的下场等。.?自动公开益处冲突和提醒安然性风险我们倡议具有益处冲突的研究者在论文揭晓、学术演讲、媒体鼓吹等各类场所自动公开益处冲突，同时如相关产物和处事存在暗藏安然性风险，应自动向消费者或患者提醒。在研究和转化的风险界定、评估、风险治理与损害管控等工作中，应强化信息透明与肝胆照人。研究者自动公开益处冲突，不单有益于小我，也会有益于产物或处事的品牌堆集和传布。自动提醒安然性风险，一样会增添小我、产物或处事的品牌相信度，也切实避免给消费者或患者带来风险，并是以下降财富化的系统性风险。.?遵纪守法并坚持科学循证我们倡议在财富化过程中要严酷遵循国家法令律例并坚持科学循证。特定产物或处事的功能、功能、疗效传布鼓吹，必需合适国家有关法令律例划定，毫不成打破法令底线。产物或处事的相关功能、功能、疗效等鼓吹应成立在级证据的根底上，应堆集自己的临床随机对比尝试（RCT）证据。不应过度解读细胞、动物考试考试功能，但要正视相关考试考试提醒的副浸染、矫枉过正等风险。.?积极介入科学普及和教育并促进公家介入我们倡议专业人士积极介入面向公家的科学普及、传布和教育勾当，同时成心识的吸纳公家定见，鼓舞鼓舞激励公家齐截介入科学研究。肠道菌群研究日新月异，常识更新和堆集速度飞快，但乱象丛生，令人莫衷一是，同时相关规模的成长也日趋受商业化放置, 可能损害到公家益处。是以孔殷需要权威、主流的一线专业人士介入到面向公共的科普勾傍边。在泛泛传布工作中，专业人士可系统化普及肠道菌群相关常识；有重除夜事务发生时，应实时响应公家关心，做到根底治理。参考文献（滑动下方文字查看）.Gilbert JA, Blaser MJ, Caporaso JG, Jansson JK, Lynch SV, Knight R. Current understanding of the human microbiome.?Nat Med.?():-..Gilbert JA, Quinn RA, Debelius J, et al. Microbiome-wide association studies link dynamic microbial consortia to disease.?Nature.?():-..Uzbay T. Germ-free animal experiments in the gut microbiota studies.?Curr Opin Pharmacol.?:-..Shendure J, Balasubramanian S, Church GM, et al. DNA sequencing at : past, present and future.?Nature.?():-..Quince C, Walker AW, Simon JT, Loman NJ, Segata N. Shotgun metagenomics, from sampling to ysis.?Nat Biotechnol.?():-..Zhang X, Li L, Butcher J, Stintzi A, Figeys D. Advancing functional and translational microbiome research using meta-omics approaches.?Microbiome.?():..Lagier JC, Dubourg G, Million M, et al. Culturing the human microbiota and culturomics.?Nat Rev Microbiol.?:-..Proctor L. Priorities for the next years of human microbiome research.?Nature.?():-..Team NHMPA. A review of ?years of human microbiome research activities at the US National Institutes of Health, Fiscal Years -.?Microbiome.?():..Goldszmid RS, Trinchieri G. The price of immunity.?Nat Immunol.?():-..Weiner HL, da Cunha AP, Quintana F, Wu H. Oral tolerance.?Immunol Rev.?():-..Rehfeld JF. The new biology of gastrointestinal hormones.?Physiological reviews.?():-..Gribble FM, Reimann F. Function and mechanis of enteroendocrine cells and gut hormones in metaboli.?Nat Rev Endocrinol.?():-..Yoo BB, Mazmanian SK. The Enteric Network: Interactions between the Immune and Nervous Systems of the Gut.?Immunity.?():-..Mayer EA. Gut feelings: the emerging biology of gut-brain communication.?Nat Rev Neurosci.?():-..Avetisyan M, Schill EM, Heuckeroth RO. Building a second brain in the bowel.?J Clin Invest.?():-..Schmidt TSB, Raes J, Bork P. The Human Gut Microbiome: From Association to Modulation.?Cell.?():-..Turnbaugh PJ, Ley RE, Mahowald MA, Magrini V, Mardis ER, Gordon JI. An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest.?Nature.?():-..OHara AM, Shanahan F. The gut flora as a forgotten organ.?EMBO reports.?():-..Byndloss MX, B?umler AJ. The germ-organ theory of non-communicable diseases.?Nat Rev Microbiol.?():-..Schroeder BO, B?ckhed F. Signals from the gut microbiota to distant organs in physiology and disease.?Nature medicine.?():-..Dalile B, Van Oudenhove L, Vervliet B, Verbeke K. The role of short-chain fatty acids in microbiota-gut-brain communication.?Nat Rev Gastroenterol Hepatol.?():-..Manfredo Vieira S, Hiltensperger M, Kumar V, et al. Translocation of a gut pathobiont drives autoimmunity in mice and humans.?Science.?():-..Meisel M, Hinterleitner R, Pacis A, et al. Microbial signals drive pre-leukaemic myeloproliferation in a Tet-deficient host.?Nature.?():-..Tilg H, Zmora N, Adolph TE, Elinav E. The intestinal microbiota fuelling metabolic inflammation.?Nat Rev Immunol.?..Belkaid Y, Harrison OJ. Homeostatic Immunity and the Microbiota.?Immunity.?():-..Rooks MG, Garrett WS. Gut microbiota, metabolites and host immunity.?Nat Rev Immunol.?():-..Rastelli M, Cani PD, Knauf C. The Gut Microbiome Influences Host Endocrine Functions.?Endocrine reviews.?():-..Sharon G, Samon TR, Geschwind DH, Mazmanian SK. The Central Nervous System and the Gut Microbiome.?Cell.?():-..Le Chatelier E, Nielsen T, Qin J, et al. Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers.?Nature.?():-..Ridaura VK, Faith JJ, Rey FE, et al. Gut microbiota from twins discordant for obesity modulate metaboli in mice.?Science.?():..Qin J, Li Y, Cai Z, et al. A metagenome-wide association study of gut microbiota in type diabetes.?Nature.?():-..Canfora EE, Meex RCR, Venema K, Blaak EE. Gut microbial metabolites in obesity, NAFLD and TDM.?Nat Rev Endocrinol.?():-..Schiattarella GG, Sannino A, Toscano E, et al. Gut microbe-generated metabolite trimethylamine-N-oxide as cardiovascular risk biomarker: a systematic review and dose-response meta-ysis.?Eur Heart J.?():-..Clemente JC, Manasson J, Scher JU. The role of the gut microbiome in systemic inflammatory disease.?BMJ.?:j..Cryan JF, ORiordan KJ, Sandhu K, Peterson V, Dinan TG. The gut microbiome in neurological disorders.?The Lancet Neurology.?:S-()-..Garrett WS. Cancer and the microbiota.?Science.?():-..Vitiello GA, Cohen DJ, Miller G. Harnessing the Microbiome for Pancreatic Cancer Immunotherapy.?Trends Cancer.?():-..Yu LX, Schwabe RF. The gut microbiome and liver cancer: mechanis and clinical translation.?Nat Rev Gastroenterol Hepatol.?():-..Sekirov I, Russell SL, Antunes LC, Finlay BB. Gut microbiota in health and disease.?Physiol Rev.?():-..Clemente JC, Ursell LK, Parfrey LW, Knight R. The impact of the gut microbiota on human health: an integrative view.?Cell.?():-..Nicholson JK, Holmes E, Kinross J, et al. Host-gut microbiota metabolic interactions.?Science.?():-..Lynch SV, Pedersen O. The Human Intestinal Microbiome in Health and Disease.?N Engl J Med.?():-..Wong SH, Yu J. Gut microbiota in colorectal cancer: mechanis of action and clinical applications.?Nature reviews Gastroenterology hepatology.?():-..Vaughn BP, Rank KM, Khoruts A. Fecal Microbiota Transplantation: Current Status in Treatment of GI and Liver Disease.?Clinical gastroenterology and hepatology : the official clinical practice journal of the American Gastroenterological Association.?():-..Zhao L, Zhang F, Ding X, et al. Gut bacteria selectively promoted by dietary fibers alleviate type diabetes.?Science (New York, NY).?():-..Gehrig JL, Venkatesh S, Chang H-W, et al. Effects of microbiota-directed foods in gnotobiotic animals and undernourished children.?Science (New York, NY).?():eaau..Zeevi D, Korem T, Zmora N, et al. Personalized Nutrition by Prediction of Glycemic Responses.?Cell.?():-..Yuan J, Chen C, Cui J, et al. Fatty Liver Disease Caused by High-Alcohol-Producing Klebsiella pneumoniae.?Cell Metab.?():-.e..Duan Y, Llorente C, Lang S, et al. Bacteriophage targeting of gut bacterium attenuates alcoholic liver disease.?Nature.?():-..Zimmermann M, Zimmermann-Kogadeeva M, Wegmann R, Goodman AL. Separating host and microbiome contributions to drug pharmacokinetics and toxicity.?Science.?()..Zimmermann M, Zimmermann-Kogadeeva M, Wegmann R, Goodman AL. Mapping human microbiome drug metaboli by gut bacteria and their genes.?Nature.?():-..Skelly AN, Sato Y, Kearney S, Honda K. Mining the microbiota for microbial and metabolite-based immunotherapies.?Nat Rev Immunol.?():-..Rosshart SP, Herz J, Vassallo BG, et al. Laboratory mice born to wild mice have natural microbiota and model human immune responses.?Science.?()..Franks PW, McCarthy MI. Exposing the exposures responsible for type diabetes and obesity.?Science (New York, NY).?():-..Hall AB, Tolonen AC, Xavier RJ. Human genetic variation and the gut microbiome in disease.?Nat Rev Genet.?():-..Gentile CL, Weir TL. The gut microbiota at the intersection of diet and human health.?Science.?():-..Scott AJ, Alexander JL, Merrifield CA, et al. International Cancer Microbiome Consortium consensus statement on the role of the human microbiome in carcinogenesis.?Gut.?():-..Komaroff AL. The Microbiome and Risk for Obesity and Diabetes.?JAMA.?():-..Iweala OI, Nagler CR. The Microbiome and Food Allergy.?Annu Rev Immunol.?:-..Bunyavanich S. Food allergy: could the gut microbiota hold the key??Nat Rev Gastroenterol Hepatol.?():-..Levin ME, Botha M, Basera W, et al. Environmental factors associated with allergy in urban and rural children from the South AFrican Food Allergy (SAFFA) cohort.?J Allergy Clin Immunol.?..Reynolds LA, Finlay BB. Early life factors that affect allergy development.?Nat Rev Immunol.?():-..Mitselou N, Hallberg J, Stephansson O, Almqvist C, Melén E, Ludvigsson JF. Cesarean delivery, preterm birth, and risk of food allergy: Nationwide Swedish cohort study of more than million children.?J Allergy Clin Immunol.?():-.e..Tordesillas L, Berin MC, Samon HA. Immunology of Food Allergy.?Immunity.?():-..Singh P, Mitsuhashi S, Ballou S, et al. Demographic and Dietary Associations of Chronic Diarrhea in a Representative Sample of Adults in the United States.?Am J Gastroenterol.?():-..Piovani D, Danese S, Peyrin-Biroulet L, Nikolopoulos GK, Lytras T, Bonovas S. Environmental Risk Factors for Inflammatory Bowel Diseases: An Umbrella Review of Meta-yses.?Gastroenterology.?():-.e..Ford AC, Lacy BE, Talley NJ. Irritable Bowel Syndrome.?N Engl J Med.?():-..Miller V, Mente A, Dehghan M, et al. Fruit, vegetable, and legume intake, and cardiovascular disease and deaths in countries (PURE): a prospective cohort study.?Lancet (London, England).?():-..Bai D, Yip BHK, Windham GC, et al. Association of Genetic and Environmental Factors With Auti in a -Country Cohort.?JAMA Psychiatry.?..Kivipelto M, Mangialasche F, Ngandu T. Lifestyle interventions to prevent cognitive impairment, dementia and Alzheimer disease.?Nat Rev Neurol.?():-..Ascherio A, Schwarzschild MA. The epidemiology of Parkinsons disease: risk factors and prevention.?Lancet Neurol.?():-..Lloyd-Price J, Abu-Ali G, Huttenhower C. The healthy human microbiome.?Genome Med.?():..Shkoporov AN, Hill C. Bacteriophages of the Human Gut: The Known Unknown of the Microbiome.?Cell Host Microbe.?():-..Richard ML, Sokol H. The gut mycobiota: insights into ysis, environmental interactions and role in gastrointestinal diseases.?Nat Rev Gastroenterol Hepatol.?():-..Pennisi E. Survey of archaea in the body reveals other microbial guests.?Science.?():..Nayfach S, Shi ZJ, Seshadri R, Pollard KS, Kyrpides NC. New insights from uncultivated genomes of the global human gut microbiome.?Nature.?():-..Isabella VM, Ha BN, Castillo MJ, et al. Development of a synthetic live bacterial therapeutic for the human metabolic disease phenylketonuria.?Nat Biotechnol.?():-..Servick K. Of mice and microbes.?Science.?():-..Poussin C, Sierro N, Boué S, et al. Interrogating the microbiome: experimental and computational considerations in support of study reproducibility.?Drug Discov Today.?():-..Schloss PD. Identifying and Overcoming Threats to Reproducibility, Replicability, Robustness, and Generalizability in Microbiome Research.?MBio.?()..Costea PI, Zeller G, Sunagawa S, et al. Towards standards for human fecal sample processing in metagenomic studies.?Nat Biotechnol.?():-..Singh V, Yeoh BS, Chassaing B, et al. Dysregulated Microbial Fermentation of Soluble Fiber Induces Cholestatic Liver Cancer.?Cell.?():-.e..Suez J, Zmora N, Zilberman-Schapira G, et al. Post-Antibiotic Gut Mucosal Microbiome Reconstitution Is Impaired by Probiotics and Improved by Autologous FMT.?Cell.?():-.e..DeFilipp Z, Bloom PP, Torres Soto M, et al. Drug-Resistant E. coli Bacteremia Tranitted by Fecal Microbiota Transplant.?The New England journal of medicine.?():-..Yelin I, Flett KB, Merakou C, et al. Genomic and epidemiological evidence of bacterial tranission from probiotic caule to blood in ICU patients.?Nature medicine.?():-..Zmora N, Zeevi D, Korem T, Segal E, Elinav E. Taking it Personally: Personalized Utilization of the Human Microbiome in Health and Disease.?Cell Host Microbe.?():-..Johnson AJ, Vangay P, Al-Ghalith GA, et al. Daily Sampling Reveals Personalized Diet-Microbiome Associations in Humans.?Cell Host Microbe.?():-.e..Djulbegovic B, Guyatt GH. Progress in evidence-based medicine: a quarter century on.?Lancet (London, England).?():-..Bothwell LE, Podolsky SH. The Emergence of the Randomized, Controlled Trial.?N Engl J Med.?():-..Zeilstra D, Younes JA, Brummer RJ, Kleerebezem M. Perspective: Fundamental Limitations of the Randomized Controlled Trial Method in Nutritional Research: The Example of Probiotics.?Adv Nutr.?():-..Guarino A, Canani RB. Probiotics in Childhood Diseases: From Basic Science to Guidelines in Years of Research and Development.?J Pediatr Gastroenterol Nutr.? Suppl :S-..Crow D. Microbiome Research in a Social World.?Cell.?():-..Cohen PA. Probiotic Safety-No Guarantees.?JAMA Intern Med.?():-..Dauby N. Risks of Saccharomyces boulardii-Containing Probiotics for the Prevention of?Clostridium difficile Infection?in the Elderly.?Gastroenterology.?():-..Pararajasingam A, Uwagwu J. Lactobacillus: the not so friendly bacteria.?BMJ case reports.?:bcr..Shanahan F, Hill C. Language, numeracy and logic in microbiome science.?Nature reviews Gastroenterology hepatology.?():-..Mozaffarian D. Conflict of Interest and the Role of the Food Industry in Nutrition Research.?JAMA.?():-..Galea S, Saitz R. Funding, Institutional Conflicts of Interest, and Schools of Public Health: Realities and Solutions.?JAMA.?():-..Nissen SE. Conflicts of Interest and Professional Medical Associations: Progress and Remaining Challenges.?JAMA.?():-..Sox HC. Conflict of Interest in Practice Guidelines Panels.?JAMA.?():-..Greenhalgh S. Making China safe for Coke: how Coca-Cola shaped obesity science and policy in China.?BMJ.?:k..Barnard ND, Willett WC, Ding EL. The Misuse of Meta-ysis in Nutrition Research.?JAMA.?():-..Hughes HK, Landa MM, Sharfstein JM. Marketing Claims for Infant Formula: The Need for Evidence.?JAMA Pediatr.?():-..The L. Dietary supplement regulation: FDAs bitter pill.?Lancet (London, England).?():-..Hanage WP. Microbiology: Microbiome science needs a healthy dose of sceptici.?Nature.?():-..Fischbach MA. Microbiome: Focus on Causation and Mechani.?Cell.?():-..Kleerebezem M, Binda S, Bron PA, et al. Understanding mode of action can drive the translational pipeline towards more reliable health benefits for probiotics.?Current opinion in biotechnology.?:-..Knight R, Vrbanac A, Taylor BC, et al. Best practices for ysing microbiomes.?Nat Rev Microbiol.?():-..Aagaard K, Hohmann E. Regulating microbiome manipulation.?Nat Med.?():-..Hoffmann D, Palumbo F, Ravel J, Roghmann MC, Rowthorn V, von Rosenvinge E. Improving regulation of microbiota transplants.?Science.?():-..Verbeke F, Janssens Y, Wynendaele E, De Spiegeleer B. Faecal microbiota transplantation: a regulatory hurdle??BMC Gastroenterol.?():..Green JM, Barratt MJ, Kinch M, Gordon JI. Food and microbiota in the FDA regulatory framework.?Science.?():-..Shamarina D, Stoyantcheva I, Mason CE, Bibby K, Elhaik E. Communicating the promise, risks, and ethics of large-scale, open space microbiome and metagenome research.?Microbiome.?():..Dominguez-Bello MG, Peterson D, Noya-Alarcon O, et al. Ethics of exploring the microbiome of native peoples.?Nat Microbiol.?():..Rhodes R. Ethical issues in microbiome research and medicine.?BMC Med.?():..ODoherty KC, Virani A, Wilcox ES. The Human Microbiome and Public Health: Social and Ethical Considerations.?Am J Public Health.?():-..Stead WW. The Complex and Multifaceted Aspects of Conflicts of Interest.?JAMA.?():-..Untangle food industry influences on health.?Nat Med.?():..Thornton JP. Conflict of Interest and Legal Issues for Investigators and Authors.?JAMA.?():-..Zuger A. What Do Patients Think About Physicians Conflicts of Interest?: Watching Transparency Evolve.?JAMA.?():-.